전체 글17 [연구기초상식] cell viability를 보는 법 Cell viability를 보는 법에는 다양하다. 오늘은 그 중 2가지 방법에 대해 알아보자. 1) MTT assay 세포 생존 및 생장 등 세포 대사 활성을 평가하는 비색 분석법으로 살아있는 세포의 미토콘드리아 속 dehydrogenase에 의해 formazan이라는 발색물질로 전환되는 tetrazolium salt 유도체인 MTT 이용한 방법이다. 프로토콜 1. 96well plate에 well당 cell 1x10^4~6(cell에 따라 다양) 100㎕씩 분주하여, 24시간 정도 CO2 incubator에서 배양 2. 배지를 바꿔주고, 준비된 실험물질 첨가 3. 적절한 시간 동안 incubator에서 배양 4. MTT 용액 첨가 후, 실험 조건에 맞게 적절한 시간 동안 incubator에서 반응 .. 2024. 6. 27. [연구기초상식] 실험에서 PBS를 사용하는 이유? PBS는 눈으로만 보면 물과 같아 보인다.하지만 여러 실험에서는 DW 대신 PBS를 쓰는 일이 많다. 그 이유는 무엇일까? phosphate-buffered saline, 즉 인산완충생리식염수 라고 하는 PBS는 등장액으로, 완충작용은 물론 삼투압을 맞춰주는 역할을 한다. 그렇기에 DW와 달리 삼투로 인한 세포 파열이나 위축을 방지하며, 세포에 대해 독성을 가지지 않는다. 또한 이 PBS는 신체 내 이온 농도와 삼투압에 가장 근접한 용액으로, phosphaste buffer와 NaCl, KCl 등의 시약이 첨가된 것이다. cell wash나 ELISA, IHC 또는 동물 실험 시에도 PBS를 사용하는 것을 보았다. cell wash에 사용하는 이유는 위의 이유와 더불어, 다음 trypsin의 작용을 불.. 2024. 6. 26. [Nrf2 signaling Pathway] Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2) 는 독성 및 산화 반응에 대한 세포 방어를 조절하는 전사인자로 산화적 스트레스 반응이나 약물 해독에 관련한 유전자들의 발현을 조절한다. NRF2 활성화는 세포가 화학적 발암물질이나 염증 자극에 저항성을 갖게 하고, 항산화 반응 및 대사와 염증 등을 포함하는 다양한 세포 과정에 관여한다. 위 그림은 NRF2, KEAP1, βTrCP의 구조를 나타낸 것이다.그림에 대해 설명하자면 : Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2)basic leucine zipper (bZIP)을 가지는 Cap’n’Collar (CNC)의 subfamily이다.NRF2-ECH homolo.. 2024. 6. 26. [MAPK pathway] The JNK MAPK module 오늘은 JNK MAPK module에 대해 알아본다. 위의 그림으로 간략하게 JNK pathway를 보고 넘어가자. The JNK MAPK module c-Jun N-terminal kinases (JNKs)는 세포 증식, 침습, 생존 등을 조절하는 단백질이다. JNKs는 stress activated protein kinases (SAPKs)로 스트레스나 growth factor, 염증성 cytokine, 방사선이나 다른 세포외 신호에 반응해 활성화된다. 또한 이전의 MAPK module 처럼 MAP3k, MAP2K, MAPK의 cascade를 가진다. JNK Module의 구성 일단 JNK1, JNK2, JNK3로 3개의 JNK isoforms 있다. JNK1과 JNK2는 인체 다양한 곳에 존재하.. 2024. 6. 21. [MAPK pathway] The p38 MAPK Module 오늘은 p38 MAPK module에 대해 알아본다. p38 MAPK pathway 또한 전형적 MAPK로 분류된다.위 그림에서 대략적인 p38 pathway를 보고 본론으로 들어가려한다. The p38 MAPK Module p38 MAPK는 삼투압, cytokine, LPS 및 자외선 등 다양한 세포 스트레스에 의해 활성화되며, 4가지 isoform으로 구성된다. => p38α(MAPK14), p38β(MAPK11), p38γ(MAPK12) 및 p38δ(MAPK13) 이다. 이중 p38α가 가장 잘 연구되었으며, ERK2와 50%나 동일한 아미노산 서열을 가지고 있다. p38α 발견 이후, 나머지 3개의 isoform도 발견되었으며, p38α의 발현이 특히 많다. p38β는 뇌에 풍부한 반면, p3.. 2024. 5. 9. SCI급 논문, impact factor 보는 법 논문의 급? SCI (Science Citation Index)는 미국의 정보서비스 기업인 Clarivate Analytics에 의해 관리되는 데이터베이스이다. 주로 자연과학과 기술과학 분야의 학술지를 대상으로 하며, 이 지수에 포함되는 학술지는 엄격한 심사 과정을 거쳐 선정된다. 쉽게 말해 하나의 논문이 아닌 이 분야의 가치가 높은 학술지, 즉 저널을 의미한다. 외에도 SCIE (Science Citation Index Expanded) SCI의 확장판으로, 자연과학뿐만 아니라 사회과학 분야의 학술지도 포함한다. SCI보다 폭넓은 저널을 커버해 더 다양한 연구 분야에서의 인용과 영향력을 파악할 수 있다. SSCI (Social Sciences Citation Index) : 주로 사회과학 분야의 학술지.. 2024. 4. 25. [논문 읽기 Discussion] 마우스에서 피부 침윤 basophil이 IL-4 생산을 통해 atopic dermatitis-like inflammation을 촉진시킨다. basophil의 관여는 OX 유도 AD 마우스 모델의 알러지 염증 발달에서 입증되었다. 그러나, basophil이 피부 알러지 염증에 어떻게 기여하는지는 명확히 밝혀지지 않았다. 본 연구에서, 일련의 유전적으로 조작된 마우스를 분석함으로써, 피부 침윤 basophil이 draining LN에서의 Th2 cell 분화와 혈청 내 IgE 수준과 독립적으로, 국소적 IL-4의 생산을 통해 알러지 염증을 촉진한다는 것을 명확히 입증했다.단어a series of : 일련의문장 : In the present study, by analyzing a series of genetically engineered mice, we clearly demonstrated that skin-infiltrating basophil.. 2024. 4. 25. [논문 읽기 result - 2] 마우스에서 피부 침윤 basophil이 IL-4 생산을 통해 atopic dermatitis-like inflammation을 촉진시킨다. Result 3. IL-4는 OX-유도 AD like skin inflammation에서 중요한 역할을 한다.반복적 OX challenge는 피부에 Th2 염증을 일으킨다. 따라서 다음으로 피부 병변의 Th cytokine 발현을 분석했다. Th1 cytokine인 IFN-r mRNA 발현은 일시적으로 올랐으나 Th2 cytokine인 IL-4 mRNA는 극적으로 증가했다. 대조적으로 다른 cytokine들은 약간이나 거의 상승하지 않았다. 실제로 IL-4만이 귀 피부 lysate에서 detect될 만한 단백질 레벨이었다. 이는 IL-4가 피부 병변 발달에 역할한다는 것을 제안한다. IL-4 결핍 마우스에서는 귀 두께 감소와 찰과상 및 태선화와 진피 비대, 세포 침윤이 줄어든것을 확인할 수.. 2024. 4. 19. [논문 읽기 result - 1] 마우스에서 피부 침윤 basophil이 IL-4 생산을 통해 atopic dermatitis-like inflammation을 촉진시킨다. RESULTS 1. basophil은 OX-유도 AD 피부 염증을 촉진시킨다. 세포적, 분자적 AD의 기전을 설명하기위해 반복적 OX 도포로 유도된 마우스 AD like model을 분석했다. C57BL/6J는 경피적으로 OX를 감작시키고, day 0, 2, 4, 8, 10 에 OX를 마우스 귀에 도포하여 challenge했다. 반복적 OX 도포는 점진적으로 유발기의 귀를 두꺼워지게 했고, 습진성 피부 병변과 찰과상 및 태선화를 동반했다. 조직학적 분석은 OX-treated skin에서 표피와 진피의 비대 및 진피의 세포 침윤을 볼 수 있었다. 최근, basophil이 OX 유도 AD like skin inflammation의 발달에 중요한 역할을 한다고 알려졌다. 이를 이 실험에서도 똑같이 재현하기 위.. 2024. 4. 19. [논문 읽기 method] 마우스에서 피부 침윤 basophil이 IL-4 생산을 통해 atopic dermatitis-like inflammation을 촉진시킨다. METHODS Mice : C57BL/6J IL-4-deficient mice : neomycin resistance gene을 IL-4 gene의 exon 3에 삽입해 제작 Mcpt8DTR/+ mice : basophil 특이적 유전자인 Mcpt8의 UTR 영역에 human diphtheria toxin receptor와 GFP가 융합된 cDNA와 IRES를 삽입 IL-4 reporter G4 (Il4GFP/+) mice : IL-4 gene의 첫번째 exon과 첫번째 intron의 178개 nucleotide가 enhanced GFP를 지정하는 유전자로 대체 Mcpt8^iCre/+ : basophil 특이적 Mcpt8 gene의 첫번째 exon이 improved Cre(iCre)로 대체 IL4^fl/.. 2024. 4. 16. 이전 1 2 다음
