공부9 [연구기초상식] cell viability를 보는 법 Cell viability를 보는 법에는 다양하다. 오늘은 그 중 2가지 방법에 대해 알아보자. 1) MTT assay 세포 생존 및 생장 등 세포 대사 활성을 평가하는 비색 분석법으로 살아있는 세포의 미토콘드리아 속 dehydrogenase에 의해 formazan이라는 발색물질로 전환되는 tetrazolium salt 유도체인 MTT 이용한 방법이다. 프로토콜 1. 96well plate에 well당 cell 1x10^4~6(cell에 따라 다양) 100㎕씩 분주하여, 24시간 정도 CO2 incubator에서 배양 2. 배지를 바꿔주고, 준비된 실험물질 첨가 3. 적절한 시간 동안 incubator에서 배양 4. MTT 용액 첨가 후, 실험 조건에 맞게 적절한 시간 동안 incubator에서 반응 .. 2024. 6. 27. [연구기초상식] 실험에서 PBS를 사용하는 이유? PBS는 눈으로만 보면 물과 같아 보인다.하지만 여러 실험에서는 DW 대신 PBS를 쓰는 일이 많다. 그 이유는 무엇일까? phosphate-buffered saline, 즉 인산완충생리식염수 라고 하는 PBS는 등장액으로, 완충작용은 물론 삼투압을 맞춰주는 역할을 한다. 그렇기에 DW와 달리 삼투로 인한 세포 파열이나 위축을 방지하며, 세포에 대해 독성을 가지지 않는다. 또한 이 PBS는 신체 내 이온 농도와 삼투압에 가장 근접한 용액으로, phosphaste buffer와 NaCl, KCl 등의 시약이 첨가된 것이다. cell wash나 ELISA, IHC 또는 동물 실험 시에도 PBS를 사용하는 것을 보았다. cell wash에 사용하는 이유는 위의 이유와 더불어, 다음 trypsin의 작용을 불.. 2024. 6. 26. [Nrf2 signaling Pathway] Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2) 는 독성 및 산화 반응에 대한 세포 방어를 조절하는 전사인자로 산화적 스트레스 반응이나 약물 해독에 관련한 유전자들의 발현을 조절한다. NRF2 활성화는 세포가 화학적 발암물질이나 염증 자극에 저항성을 갖게 하고, 항산화 반응 및 대사와 염증 등을 포함하는 다양한 세포 과정에 관여한다. 위 그림은 NRF2, KEAP1, βTrCP의 구조를 나타낸 것이다.그림에 대해 설명하자면 : Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2)basic leucine zipper (bZIP)을 가지는 Cap’n’Collar (CNC)의 subfamily이다.NRF2-ECH homolo.. 2024. 6. 26. [MAPK pathway] The JNK MAPK module 오늘은 JNK MAPK module에 대해 알아본다. 위의 그림으로 간략하게 JNK pathway를 보고 넘어가자. The JNK MAPK module c-Jun N-terminal kinases (JNKs)는 세포 증식, 침습, 생존 등을 조절하는 단백질이다. JNKs는 stress activated protein kinases (SAPKs)로 스트레스나 growth factor, 염증성 cytokine, 방사선이나 다른 세포외 신호에 반응해 활성화된다. 또한 이전의 MAPK module 처럼 MAP3k, MAP2K, MAPK의 cascade를 가진다. JNK Module의 구성 일단 JNK1, JNK2, JNK3로 3개의 JNK isoforms 있다. JNK1과 JNK2는 인체 다양한 곳에 존재하.. 2024. 6. 21. [MAPK pathway] The p38 MAPK Module 오늘은 p38 MAPK module에 대해 알아본다. p38 MAPK pathway 또한 전형적 MAPK로 분류된다.위 그림에서 대략적인 p38 pathway를 보고 본론으로 들어가려한다. The p38 MAPK Module p38 MAPK는 삼투압, cytokine, LPS 및 자외선 등 다양한 세포 스트레스에 의해 활성화되며, 4가지 isoform으로 구성된다. => p38α(MAPK14), p38β(MAPK11), p38γ(MAPK12) 및 p38δ(MAPK13) 이다. 이중 p38α가 가장 잘 연구되었으며, ERK2와 50%나 동일한 아미노산 서열을 가지고 있다. p38α 발견 이후, 나머지 3개의 isoform도 발견되었으며, p38α의 발현이 특히 많다. p38β는 뇌에 풍부한 반면, p3.. 2024. 5. 9. [MAPK pathway] The ERK1/2 modules 이전 편에 이어서 전형적인 MAPK pathway에 대해 더 알아보도록 한다. [MAPK pathway] Mitogen-activated protein kinase pathway오늘은 지난번 RANTES를 공부하며 언급된 MAPK pathway에 대해 공부해보려 한다. MAPK(Mitogen-activated protein kinase) pathway란? 먼저 MAPK(Mitogen-activated protein kinase)는 아미노산인 serine과 threonin에 특이적인 단just0210.tistory.com 전형적 MAPK는 ERK, JNK, p38/SAPKs (stress-activated protein kinases) 세 가지 주요 계열로 분류할 수 있다. 오늘은 그중 ERK(extr.. 2024. 4. 9. [MAPK pathway] Mitogen-activated protein kinase pathway 오늘은 지난번 RANTES를 공부하며 언급된 MAPK pathway에 대해 공부해보려 한다. MAPK(Mitogen-activated protein kinase) pathway란? 먼저 MAPK(Mitogen-activated protein kinase)는 아미노산인 serine과 threonin에 특이적인 단백질 키나아제 (인산화 효소)이다. 이는 외부 자극을 다양한 세포 반응으로 전환해 준다. MAPK 경로는 가장 오래된 신호 전달 경로 중 하나로, 진화 과정에서 많은 생리적 과정에 널리 사용되어 왔다. 모든 진핵세포는 여러 MAPK pathway를 가지고 있으며, 유전자 발현과 대사 및 세포사멸, 분화 등을 조절한다. MAPK 구조 MAPK는 포유류에서 14개 정도가 발견되어 분류되었는데, 아래는 .. 2024. 4. 8. [면역학 공부] Chapter 1-1 유전자 발현과 조절 유전자 발현은 생명체가 유전 정보를 사용하여 단백질이나 RNA와 같은 기능적인 단위를 만드는 것이다. 이 과정은 모든 생명의 기본이며, 모든 생명체에서 공통적으로 가지는 세가지 메커니즘이 있다. 오늘은 간단하게만 살펴보자 유전자의 기본 요소 1. 복제(replication) - 세포 분열을 통해 반보존적(semi-conserved) 유전자를 얻을 수 있다. 2. 전사 (transcription) - DNA를 읽어 다양한 유형의 RNA를 만들어 낸다. 3. 번역 (translation) - RNA와 리보솜이 함께 단백질을 생산한다. 이러한 전반적인 과정들이 다양한 메커니즘으로 조절되며, 유전자 발현을 이루어낸다. 유전자의 구조 인간 게놈은 약 30억 개의 염기쌍으로 이루어져 있으나, 이 중 단 1.5%만이.. 2024. 3. 24. [Cytokine, Chemokine] RANTES 오늘 공부해볼 것은 제목에 있듯 RANTES 이다. RANTES[CCL5] Introduction RANTES는 ' Regulated upon Activation, Normal T cell Expressed and Secreted'의 약자로 정상 T cell이 활성화될 때 조절되어 발현되고 분비된다는 의미를 내포한다고 한다. CCL5는 C-C motif ligand 5로 두 개의 인접한 cysteine의 disulfide bond를 의미하고, 이는 단백질 구조적 안정성에 영향을 주는 듯 하다. 또한 이는 CCL5 gene에 encoding된 단백질(8kDa, 68AA)로 표현된다. Function CCL5는 proinflammatory chemokine으로 WBC를 inflammation 부위로 recr.. 2024. 3. 22. 이전 1 다음
